ยังไม่เป็นที่แน่ชัดว่า อาหารคาร์โบไฮเดรต ต่ำอาจก่อให้เกิดความเสี่ยงต่อสุขภาพในระยะยาวประเภทใด หากคุณจำกัดการทานคาร์โบไฮเดรตในระยะยาว อาจทำให้คุณได้รับวิตามินหรือแร่ธาตุบางชนิดน้อยเกินไป และมีปัญหาในการย่อยอาหารผู้เชี่ยวชาญด้านสุขภาพบางคนคิดว่าหากคุณรับประทานไขมันและโปรตีนจากสัตว์ในปริมาณมาก ความเสี่ยงในการเป็นโรคหัวใจหรือมะเร็งบางชนิดอาจเพิ่มขึ้นหากคุณเลือกที่จะรับประทานอาหารคาร์โบไฮเดรตต่ำ ให้นึกถึงไขมันและโปรตีนที่คุณเลือก จำกัดอาหารที่มีไขมันอิ่มตัวและไขมันทรานส์ เช่น เนื้อสัตว์และผลิตภัณฑ์จากนมไขมันสูง อาหารเหล่านี้อาจทำให้คุณเสี่ยงต่อการเป็นโรคหัวใจสูงขึ้น